Dunque, Link ha sconfitto Ganondorf, il Re del Male, da pochi mesi, e sta cavalcando Epona in un bosco misterioso (chissà dove si trova, in Hyrule!), quando due fatine spaventano la cavallina, facendole disarcionare Link. Comincia per "colpa" loro questa nuova avventura della serie di Zelda. Appena avrete il controllo, dirigete Link nella grotta ed andate avanti finché non assisterete ad una scena in cui il maledetto Skull Kid vi trasformerà in un Deku Scrub. Avrete anche la vostra fatina, ovvero Tatl, che rimane chiusa fuori dal varco dimensionale per errore (suo). Dunque, aprite la porta ed andate avanti. Ben presto dovrete cominciare a fare confidenza con le vostre abilità di Deku. Salite sul fiore ed immergetevici, rilasciando il pulsante A quando Link emette uno sbuffo. Verrete sbalzati in aria, dirigete l'improvvisato elicottero alla vostra destra. Tatl vi farà notare un alberello contorto lì vicino, voi saltate su quella piattaforma ed entrate nell'apertura, per trovarvi in uno strano paesaggio con un mulino ad acqua. Qui farete il vostro primo incontro con l'Happy Mask Seller, il quale vi chiederà di recuperare la sua maschera più preziosa, e vi dirà che se riuscite a procurarvi la vostra Ocarina potrà insegnarvi una melodia per liberarvi dalla maledizione di cui siete vittime. Quindi entrate senza indugio nella porta socchiusa, per ritrovarvi in un nuovo mondo: Termina.

Benvenuti nella Clock Town! Per adesso non potrete lasciare la città, e le cose che dovete fare sono limitate a questa area. La priorità è andare a visitare la Great Fairy, che si trova nella North Clock Town. Se volete potete prima esplorare le varie parti della città, vi tornerà utile tra poco. Scoprirete che la Great Fairy è stata divisa in tante piccole fatine (Stray Fairy) e che ne manca una per ricostituire il corpo della Great Fairy. Se è ancora giorno andate alla Laundry Pool (partendo dal portone da cui siete entrati in Clock Town per la prima volta, la porta in fondo a destra). Se invece è notte, dovete andare all'East Clock Town (la parte di città più grande di tutte) ed usare il Deku Flower per lanciarvi e raccogliere la Stray Fairy che volteggia in aria. Fatto questo riportatela alla Great Fairy che vi ricompenserà con la barra della magia, dando così la possibilità a Deku Link di lanciare delle bolle. Con questa nuova tecnica, uscite dalla Great Fairy's Fountain e colpite il pallone con la Majora's Mask disegnata sopra. Il bambino vi sfiderà a trovare cinque altri bambini nascosti nelle varie parti della Clock Town, il tutto entro la mattina del giorno dopo (se quindi non vi sentite molto sicuri, vi conviene aspettare la mattina se siete di sera, in questo modo avrete molto più tempo dalla vostra). Quando troverete uno dei Bomber, questi comincerà a correre, e voi dovrete inseguirlo e toccarlo. Due si trovano nella East Clock Town, due nella North Clock Town (uno compare solo dopo che avete trovato gli altri quattro) e uno nella West Clock Town. In questo modo otterrete il codice segreto per arrivare all'osservatorio in East Clock Town (segnatevelo da qualche parte). Ditelo al ragazzino che sorveglia la porta nella East Clock Town e vi lascerà passare. Dopo aver oltrepassato alcune piattaforme in parte sommerse nell'acqua, troverete il passaggio bloccato da un altro di quei palloni con la Majora's Mask, colpitelo con una bolla e proseguite, salite delle scale colorate e arriverete ad un vecchio che controlla un telescopio. Guardate dentro di esso e zoomate sulla cima della Clock Tower, per vedere lo Skull Kid che vi fa i gestacci. Subito dopo dagli occhi della luna cadrà una specie di meteorite denominato appunto Moon's Tear (che originalità....). Smettete di guardare nel telescopio (a meno che non vogliate guardarvi un altro po' intorno), ed uscite dalla porta lì vicino, per raccogliere la Moon's Tear appena caduta. Andate nella South Clock Town (la parte centrale, quella da cui siete arrivati) ed avvicinatevi al Deku Flower. Dopo la scenetta parlate al Deku appena arrivato e quando vi dice che potete prelevare un oggetto dell'inventario, se non l'avete già fatto assegnate la Moon's Tear ad un tasto C e datela al Deku, che così vi cederà il Deku Flower. Usatelo per catapultarvi sulla piattaforma superiore della Clock Tower, prendete l'Heart Container Piece ed aspettate fino alla mezzanotte del Terzo Giorno; i cancelli si apriranno e voi affronterete per la prima volta lo Skull Kid. Per adesso non potete fargli molto (anche perché se fosse altrimenti il gioco finirebbe qui!), quindi puntatelo con lo Z-Targeting e colpitelo con una bolla per fargli cadere l'Ocarina. Raccoglietela, e dopo aver imparato la Song of Time, suonatela per tornare indietro nel tempo per la prima volta. Così avrete guadagnato anche la vostra prima maschera! Non male, eh?